Леону С. Кеннеди поручено новое задание - отыскать пропавшего ученого Антонио Тейлора, который планировал продать свои разработки за пределами Соединенных Штатов. Однако, доктор Тейлор был похищен, и все следы приводят Леона на остров Алькатрас. Оказывается, что расследование Леона пересекается с деятельностью других героев - Джилл, Крис и Клэр, которые также заняты разгадкой загадочных событий на Алькатрасе. В это же время в Сан-Франциско разразился новый вирус, и единственное, что объединяет зараженных, это посещение острова в последнее время.
