После победы над десептиконами на Земле, команда автоботов возвращается на Кибертрон, для того, что бы восстановить его. Вслед за ними возвращается и Юникрон - древнее зло, что бы уничтожить Кибертрон, ядром которого является Праймус - его вечный враг. Автоботы вновь вынуждены сражаться за свою планету.
